找到罗塞塔提到的碎片后，艾萨克、艾莉和卡沃尔现在终于能够组装译码器了。这一重要装置应该能让他们与“机器”互动并将之关闭，最终永远地消灭尸变体。
根据定位器返回标本实验室，5块标本碎片已经找齐，接下来就就要尽心拼接，将底部第一块碎片（头部位置）调整至顶部，随后即可进行各部位的位置进行图为位置进行调整，标本完成图如上图所示，遇到困难的同学可依据此图进行调整。
随着标本的复原，艾萨克也了解到了远古机器的秘密：外星人先于人类发现神印，但是外星人也受到了神印的影响而发生了变异，神印的作用就是通过卫星发生聚合，为了阻止聚合发生，外星人建造了远古机器冻结了整个星球，一旦远古机器关闭，星球解冻，神印的作用将再次扩散，人类将无一幸免。谁料统一教主丹尼克再次出现，夺走了译码器。
艾萨克为了阻止统一教主丹尼克启动了实验室的自毁系统，逃生过程注意躲避黄色烟尘，一旦碰触即会造成持续掉血伤害，艾莉为了帮助艾萨克与卡沃尔逃生，选择了牺牲了自己，独自留在了已变成火海的实验室中。
艾萨克、卡沃尔决定分兵两路阻止统一教主丹尼克的计划，来到外面后又会遭遇统一教徒的袭击，注意躲避他们的手榴弹攻击，也可以使用念力移物技能对他们投掷的手榴弹进行反投。
消灭掉统一教徒后场景里会出现升级忍者变异体，平台上还会出现火箭筒敌人，优先使用静滞物体技能控制住火箭筒敌人进行消灭，随后逐一解决出现的变异体敌人。
变异体在此处场景会刷出很多，多用静滞物体技能进行控制，清空敌人后破解大门谜题即可继续前进，此处谜题较难，建议玩家找一好友进行配合破译。
